命朝臣及抚按各举将材
明朝的官制中，最为看重科举考试中的进士身份，进士可担任朝廷六部的重要官职，而在进士群体中，一旦进入翰林院任职，则地位尤为尊崇，他们不必屈膝跪拜，即使是行礼时也只是略微躬身，这是为了维持和保护他们未来有可能成为宰辅的威严身份。相比之下，举人虽然也能出仕为官，但他们所能到达的最高职位通常只是太守一级。因此，在进士眼中，举人的地位相对较低，即便同朝为官，也不会与举人过于亲近。至于通过岁贡或荫官等方式获得官职的人，其地位更低，更不在话下。
至于武职官员，相较于文官来说，其地位更是低下，哪怕武官达到了总兵级别的高位，在文臣眼里也还是次要角色。崇祯皇帝下令科举选拔与荐举并重，可以说是对传统做法的一大改革。然而，这一次竟然一次性将二百六十三人全部补任为部寺司属等中央机构的低级官员，这样的举措是否有些矫枉过正呢？
黄道周廷杖
庚辰年（公元1640年）四月，黄道周因先前的召对而受到特殊恩赐，被皇帝特旨任命为江西布政司都事。巡抚解学龙上疏举荐黄道周，依例该疏交由相关部门审议，但在奏疏旁边有引起皇帝愤怒的签注。因此，皇帝认为黄道周结党营私，扰乱朝政，而解学龙则是包庇私情，于是下令锦衣卫用镣铐逮捕二人。黄道周在返回福建途中，得知消息后立即赶往南昌，当地士绅纷纷前来慰问，但他并未回应，他们暗中筹集金银想要赠送给他，他也没有接受，旁观的人都为此哭泣。黄道周和解学龙被押送到京城后，各自受到八十杖刑，并被投入刑部大牢。
黄景昉急忙前往探视，尽管黄道周伤势严重，但精神面貌并未受损，他唯一感到羞耻的是损害了自己的名誉和令亲人蒙羞。几天后，户部主事叶廷秀上疏救援黄道周，结果遭到一百杖刑惩罚，并被削除官籍，贬为平民。叶廷秀来自濮州，研习程朱理学，他与黄道周素未相识，明知上疏后果严重，可能会丧命，但毅然决然地上疏，并在旗尉到来时，坦然同行，面对杖刑时还能谈笑自如，甚至连行刑者也为之动容。
黄道周长期被囚禁，经过治疗病情有所好转，这时太学生余仲吉又上疏：指出“”黄道周二十年来大部分时间都在墓庐中研究经典、着书立说，一生专注于忠君爱亲，虽然言论有时过于耿直，但其意志忠诚纯洁，如今虽然身体虚弱但仍坚持不懈地读书，所以他并非只为黄道周惋惜，更是为皇帝、天下万世惋惜。从前，唐太宗李世民曾对魏征当面指责他的行为感到极其不满，以至于愤怒到想要杀掉魏征，但最终并没有付诸行动。同样的，汉武帝刘彻虽然厌恶汲黯直言不讳的进谏，甚至将他调离身边，但实际上对汲黯还是给予了宽容和包容。皇帝本意是要效仿远古圣贤尧舜，追求清明的统治，然而现实中却似乎低于汉唐盛世的标准。无论如何，绝不应该仅仅因为所谓的党派之争，就轻易地对那些有着卓越学识、品行和才能的大臣进行非议或贬低。”但是，通政司阻止了这份奏疏上报，余仲吉就弹劾通政司官员施邦曜。
皇帝看到奏疏内容后十分生气，将余仲吉投入监狱，同样将他杖责一百并将他发配到边远地区充军。皇帝又下诏要求黄道周、解学龙在北镇抚司当庭对质，并再次下令逮捕叶廷秀。廷讯那一天，叶廷秀询问谁是黄道周，黄道周和解学龙都表示遗憾未能与他早些相识。北镇抚司官员极力严刑逼供，企图找出所谓的朋党关系，但搜寻无果，只能随意指认几个官员敷衍了事。其中有一位名叫朱永明的昆山生员，曾携带一些铜钱想要送给余仲吉，也被一同拘禁，并送交部门判罪。
当时锦衣卫抵达南昌时，全郡都陷入了恐慌。姚知府公开赠送黄道周五百两银子，私下再赠三百两，还有下属袁从先赠予了一百两，同时提供了锦衣、酒席以及其他物品折合价值三十两银子，还犒劳给锦衣卫的管家六十两以及随从二十多两的银子。当时黄道周的妻舅慎三胡公担任司法官员，在六月十六日赠送了三十两银子，这是因为黄道周曾是沈延嘉的房师，而沈延嘉又是慎三胡公的房师。姜曰广赠予六两，杨廷麟赠予二十两，其他诸如吴臬司、潘守道、高安的蔡县令、丰城的郝县令等人也都分别赠送了约千两银子。有一名生员彭土望将这笔钱带到京城，打算帮助黄道周上下打点解救，但相关部门并未收取。彭土望只好将钱一分不少的带回，送给黄道周的夫人，但是黄夫人坚持不受，之后尝试将钱转交给解学龙家，解家也不接受。最终，这笔钱由黄道周的妻舅接收，并作为公共开支使用，没有藏有任何私人利益。这一系列事件，堪称江右地区乃至千古以来的高尚义举。
徐石麒对三事
五月的时候，皇帝召集朝廷大臣在平台召开会议，讨论关于守边防务、救灾救荒、安定民生这三项重大事务。通政使徐石麒在会上回应说：“守卫边疆的关键在于灵活运用农耕和作战两种方式相结合；救灾救荒的有效方法在于鼓励人民互相分享、调剂粮食；而安定民心则在于精简冗官，选用贤能之士治理国家。”皇帝对徐石麒的回答表示赞同。
薛国观免
崇祯庚辰年（公元1640年）六月，大学士薛国观被免职。起初，薛国观得益于温体仁的引荐，在丁丑年（公元1637年）八月得以进入内阁，并受到皇帝的信任和重用。然而，薛国观在草拟诏书时未能符合皇帝的旨意，因而被提议辞职退休。皇帝曾经就朝中官员贪腐的问题与薛国观交谈，薛国观回答说：“如果厂卫能得到合适的人选担任，朝中官员怎敢贪墨受贿？”当时东厂太监王化民就在旁边，听到这话后汗如雨下，全身湿透。此后，薛国观的一些隐秘之事被东厂专门调查，最终导致了他的垮台。
薛国观被革职后，给事中袁恺再次上疏弹劾他，指控薛国观存在明显的受贿行为，并牵涉到了尚书傅永淳、侍郎蔡奕琛等人，这些人一同被送至镇抚司接受审讯。此外，都御史叶有声也被关入监狱，理由是他与薛国观有贿赂交易。当时，因薛国观案牵连受罚的人很多。
李振声请限田
十一月，工部主事李振声提议限制各级官员占有的田地数量，具体方案是一品官员最多只能占有田地十顷、房屋百间，品级在其下的官员则相应递减。这个提案被提交到相关部门进行审议。
关于井田制度，固然其设计初衷良好，但在后世的社会条件下，井田制已无法实际推行。李振声提出的限制官员占田的建议，带有一些井田制的精神内涵，但最终同样难以实施。这是因为这样的限制措施只是有利于减轻贫寒阶层的负担，但给拥有丰厚财富、特权的富贵人员带来了不便。
禁蔫
蔫草，本来是在边塞之地军队中使用，一个用途是用来治疗男性阳痿，二是抵御寒冷。庚辰年（公元1640年），北部一个地方发布严厉命令，全面禁止使用蔫草。然而即使在禁令下达后，军营中仍有士兵在市场上公然出售蔫草，显示出对禁令的无视。同年，无锡县令庞昌允也下令禁止蔫草在当地使用，但有人种植了少量蔫草，通过贿赂官员得以免除惩罚。当时正值干旱时节，民间传说龙害怕蔫草而远离，因此人们将蔫草称为“回龙草”。