内臣王德化
皇帝驾临太学，参加重修工程竣工典礼。在此之前，司礼监太监王德化遵照皇命，带领群臣预先演练礼仪，这一场面堪比唐朝鱼朝恩讲解经书以及元朝李邦宁主持的释奠仪式。
九月，朝廷规定，原先监管东厂同时也负责京城卫戍的宦官，也被称为总督。十一月，朝廷下令禁止朝臣私下探听内阁机密以及过分亲近内侍。从此，等候上朝的大臣们都站在露天处，不敢进入值班室休息。十二月，皇帝下令停止宫内操练，并且明确告诫宦官不得干预朝廷外部政务，同时也再次警告朝廷官员不得与内侍有所勾结。
皇帝的一举一动，底下官员都会争相模仿效仿，比如在练习礼仪时称呼监官为总督，仿佛朝廷将将相这么重要的职位都授予了宦官。虽然皇帝试图下令禁止朝廷官员与内侍勾结，但在这样的风气之下，这样的禁令又能有多大的效果呢？
黄道周遣戍
辛巳年（公元1641年）十二月，黄道周和解学龙被流放到边疆戍边。起初，在讨论黄道周的刑罚时，刑部尚书刘泽深建议将黄道周流放到瘴疠之地，但两次上奏都没有得到皇帝的同意。刘泽深再次进言说：“黄道周的罪状，在此前的两份奏疏中已经阐述得很清楚，对其处罚不能再加重了，否则，就有只死罪了。涉及生死判决的问题，臣下不敢不慎。历来被判死刑的官员，要么是因为失守边疆，要么是因为贪婪残暴，还没有因为直言进谏而被处死的例子。如今如果因为黄道周的建言而对他施以极刑，黄道周并无失守边疆或贪婪残暴的行为，却背上了因进言而被杀的名声，这对黄道周来说也许是罪有应得，但并不符合皇帝包容天地的胸怀。皇帝所怀疑的不过是黄道周结党营私，结党之事确实是其他大臣的实情，但黄道周只是在奏疏中发表观点，一些官员也曾赞同他的意见，但现在群臣先是贬低他，接着排斥他，哪里谈得上什么结党呢？何必要劳烦用朝廷的严刑峻法来对付他呢？去年执行刑罚时，突然接到圣旨暂停，难道皇帝对高道周有什么深仇大恨？万一皇帝改变了主意想要宽恕他，而我已经做出了死刑判决，到时候后悔莫及，因此臣下仍然坚持原判。”皇帝最终采纳了刘泽深的意见。
在此之前，针对高道周的奏疏已被严厉驳回，形势极为紧张，那时没人知道他将面临什么命运。黄景昉联合同乡蒋德璟、王家彦拜访了谢升，请求他从中斡旋。谢升叹息道：“看来他是死定了，能拖到秋天已经是万幸。”听闻此言的人都面色苍白。在薛国观（韩城人）流毒影响下，首辅的权威依旧强大，而杨嗣昌（武陵人）因其督师辅臣的身份刚刚离开京城，兼任宣府总督，并因此进入内阁，对黄道周之前针对自己的批评深感痛恨，甚至连一些同年的官员（费县人、井研人、滑县人）等也开始对黄道周落井下石。恰好这时周延儒被重新召回朝廷，众人都期待他能有所作为。黄道周此前被免职时而与周延儒有过交集，周延儒内心对此颇为愧疚。
在此情况下，众多知名人士极力劝说周延儒委婉地为黄道周开脱，使其免于一死，改为永远戍边。黄道周在狱中亲手抄写了百余本《孝经》，流传开来被视为珍宝，他还撰写了《易象正书》，在身体遭受摧残、手指几乎断裂的情况下完成了这部着作。书中包含了二十幅图、六十四种卦象，揭示天意，超越世俗，除少数几位得意弟子外，很少有人能够真正传承他的学术。相较于董仲舒的《春秋繁露》和邵雍的《皇极经世书》，黄道周的着作更具深度。
黄道周沉浸于《易经》象数的研究，晚年仿佛预见未来。他在都事的职位上被罢黜回家闲居，被捕时，送行的人们怀着悲凉的心情吟诵“易水萧萧”的诗句。黄道周安慰他们说：“不必担忧，只要我能完成三千页的手稿，就能够平安度过。”最终，他的预言应验了。他被流放到湖北的辰州，途中经过杭州的大涤山，与当地的学子们热烈讨论朱熹和陆九渊的学术异同。在途径九江时，他身患疾病，但仍抽出时间修订《易象正书》，感慨道：“后世还有谁能来修订这本书呢？”他偶尔还会反思自己的人生际遇，深夜里心情酸楚，想到自己从被革职从被革职到被捕入狱，历经九死一生，在将近六旬的年纪，还得背着武器去戍边，感叹命运如此捉弄。