逃离联盟博物馆后，沈清欢等人驾驶着经过改装的飞船，如离弦之箭一般径直冲向那片未知的禁区。船舱内，警报声此起彼伏，不绝于耳，仿佛预示着前方等待他们的是无尽的危险与未知。
琉璃死死地盯着仪表盘，上面的指针像被惊扰的蜂群一样疯狂跳动着，她的脸色也随着指针的波动而愈发苍白，额头上冷汗涔涔。终于，她忍不住高声喊道：“航线周围有强磁场干扰，再往前飞的话，导航系统就要彻底报废了！”
阿强闻言，猛地一脚踹在控制台旁边，怒不可遏地骂道：“见鬼！这破地方连星图都显示空白，我们到底该往哪儿飞啊？”
就在众人焦急万分的时候，小悠突然抱紧了怀中的晶体，那晶体散发出的蓝光将她的小脸映照得惨白如纸。她颤抖着声音说道：“妈妈，晶体说……这里有很多被困住的灵魂。”
沈清欢心头一紧，连忙伸手想要安抚受惊的女儿，然而，还未等她开口，飞船突然像是遭遇了一场剧烈的地震一般，猛地颤抖起来。舷窗外，原本空无一物的黑暗中，竟然凭空浮现出了密密麻麻的机械残骸，这些残骸如同被遗弃的垃圾一般，杂乱无章地漂浮在太空中。
更令人毛骨悚然的是，在这片废墟之中，无数双散发着幽光的眼睛骤然亮起，宛如来自地狱的恶鬼，死死地盯着他们的飞船。
“是机械幽灵！”柳如烟失声惊叫，她的手紧紧握住腰间的长刀，满脸都是惊恐之色，“它们会吞噬飞船的能源，我们必须赶紧想办法摆脱它们！”
沈清欢猛拉操纵杆，飞船在残骸群中穿梭。机械幽灵如黑色潮水般涌来，利爪抓得船体吱呀作响。琉璃快速敲击键盘：“不行！能量护盾撑不住三分钟！”小悠突然举起晶体对准前方，一道光柱射出，机械幽灵触到光芒瞬间消散。“跟着光走！”沈清欢大喊，飞船顺着光束撕开的缝隙全速前进。
冲出残骸区后，一座悬浮在暗物质旋涡中的巨型母舰映入眼帘——正是众人寻找的“深渊号”。母舰表面布满蠕动的黑色脉络，像活物般扭曲变形。“这鬼东西看着就渗人！”阿强咽了咽口水。沈清欢调出战术地图：“琉璃，找到弱点了吗？”
“核心在舰尾的腐化反应堆，但外围有十二道能量屏障，”琉璃放大投影，“每道屏障由不同频率的暗物质能量构成，必须同时破解。”柳如烟转动锁链：“我带一队人吸引火力，你们趁机突破。”沈清欢摇头：“太危险。小悠，晶体有没有提示？”
小悠闭眼感应片刻：“它说...需要七种不同的纯净能量共振。”沈清欢目光扫过伙伴们：“阿强的电磁脉冲、琉璃的光子信号、柳如烟的震荡波...我们各自释放能力，用小悠的晶体当增幅器！”众人刚准备行动，母舰突然射出无数黑色触手，将飞船死死缠住。
“不好！它们在抽取飞船能源！”琉璃急得额头冒汗。沈清欢举起武器：“按计划行动！阿强，先炸断触手！”电磁脉冲弹炸开的瞬间，众人同时释放能量。小悠将晶体高举过头，七种光芒汇聚成彩虹光柱，轰然击碎第一道屏障。
还没等众人松口气，母舰顶部升起巨型炮台，炮口凝聚的紫色光束让空间都开始扭曲。“是湮灭级武器！”导师的声音从通讯器里传来，“必须在三秒内摧毁炮台！”沈清欢咬牙冲向舱门：“我去近战！你们继续破屏障！”
她刚冲出飞船，就被强大的引力场压得几乎无法动弹。巨型炮台的光束已经发射，千钧一发之际，孙悟空突然从云层中跃出，金箍棒变大挡在身前：“俺老孙来也！”光束与金箍棒碰撞，爆发出刺眼的光芒。沈清欢趁机甩出绳索缠住炮台，借力攀爬而上。
“沈清欢，小心！”柳如烟大喊。一道黑影闪过，神秘人再次现身，手中权杖直指沈清欢。小悠焦急的声音传来：“他的弱点在左肩的能量接口！”沈清欢调整方向，粒子枪精准射击。神秘人肩部迸出火花，动作迟缓一瞬，沈清欢趁机近身，匕首刺向核心。
神秘人发出机械嘶吼，身体开始分解重组。沈清欢抓住机会，将从博物馆获取的紫色碎片插入其胸口。神秘人剧烈颤抖，眼中闪过一丝清明：“快...摧毁反应堆...我控制不住了...”话音未落，他的身体化作数据流消散。
此时，琉璃的声音传来：“屏障只剩最后一道！但反应堆能量过载，马上要爆炸了！”沈清欢顾不上喘息，冲向舰尾。最后一道屏障前，她看到了被囚禁的反抗军领袖和雷诺——两人被黑色藤蔓缠绕，意识似乎已被控制。
“雷诺！醒醒！”沈清欢大喊。雷诺眼中闪过挣扎：“沈清欢...别管我...毁掉反应堆...”小悠突然出现在她身旁，晶体与雷诺胸前的徽章共鸣：“他还有救！但要先净化腐化能量！”沈清欢咬牙将晶体按在雷诺胸口，光芒驱散黑色藤蔓的瞬间，十二道屏障同时破碎。
众人合力摧毁反应堆，“深渊号”开始剧烈崩塌。沈清欢带着众人冲向逃生舱，身后的母舰在暗物质旋涡中化为尘埃。回到三号星球，联盟残余势力因阴谋曝光纷纷投降，星际终于迎来久违的和平。
庆功宴上，小悠抱着发光的晶体看向星空：“妈妈，晶体说还有新的危机在宇宙尽头。”沈清欢握紧女儿的手，看着伙伴们灿烂的笑容：“没关系，只要我们在一起，再难的关都能闯过去。”银河深处，未知的光芒若隐若现，等待着他们书写新的传奇。