炸弹危机的硝烟散去，米花町似乎又恢复了往日的平静。傍晚，夕阳的余晖将天空染成温暖的橘红色。江户川柯南（工藤新一）和小兰并肩走在回家的路上，手里提着刚从超市买来的食材。
“新一，今晚想吃什么？咖喱还是汉堡肉？”小兰低头看着身边的“小”男友，眉眼弯弯，语气温柔。
“都行，小兰做的我都喜欢。”柯南仰起脸，镜片后的蓝眼睛里是毫不掩饰的甜蜜和依赖。这种能光明正大享受小兰的关心，甚至能偶尔以“柯南”的身份回应这份感情的日子，对他而言如同美梦。
两人正享受着这份难得的安宁与亲密，一个高大的身影与他们擦肩而过。
那是一个穿着黑色风衣，戴着灰色针织帽的男人。帽檐压得很低，遮住了大半张脸，只能看到线条冷硬的下颌和紧抿的薄唇。他步履沉稳，周身散发着一种生人勿近的冷冽气息，仿佛与周围温馨的暮色格格不入。
小兰的脚步下意识地顿住了，目光追随着那个背影，眉头微微蹙起。“……那个人……”她喃喃自语，一种强烈的既视感涌上心头，“我…好像在哪里见过他？感觉很熟悉…”
柯南的心猛地一沉！他瞬间认出了那个身影——赤井秀一！FbI的王牌搜查官！那个在纽约事件中与小兰有过一面之缘，并给她留下深刻印象（甚至被误认为是杀人魔）的危险男人！他怎么会出现在这里？是巧合还是…冲着组织来的？或者…冲着自己？
强烈的危机感瞬间取代了刚才的甜蜜。不能让小兰想起纽约的事，更不能让她卷入FbI和组织可能的交锋中！
“小兰姐姐！”柯南立刻用力拉了拉小兰的手，声音带着孩童特有的“紧张”和“催促”，“快走啦！天快黑了！我肚子好饿！而且…那个人看起来好可怕哦！”他故意表现出对陌生人的畏惧。
小兰被柯南的“害怕”唤回神，看着柯南“不安”的小脸，立刻把对那个神秘男人的疑惑抛到脑后，连忙安抚道：“啊，抱歉柯南，我们马上回家！不怕不怕，有姐姐在呢！”她握紧了柯南的手，加快了步伐，朝着侦探事务所的方向走去。
柯南任由小兰牵着，小脸上维持着“害怕”的表情，心中却警铃大作。赤井秀一的出现，绝非吉兆。组织的阴影，似乎再次逼近了。
第二天放学，少年侦探团一行人走在路上。元太和光彦热烈讨论着昨天的棒球赛，步美则开心地分享着新买的发卡。柯南和灰原哀走在后面，低声交谈着一些无关紧要的学校琐事。
突然，柯南眼镜腿末端极其隐蔽的微型耳麦，传来了一个低沉而严肃的声音，只有他能听见：
「新一，立刻带志保来博士家。紧急情况，组织有动作了。—— 悠人」
柯南的脸色瞬间剧变！刚才还带着点轻松的表情消失得无影无踪，眼神锐利如刀。他猛地停下脚步。
“灰原，跟我来！”他不由分说地拉起身边灰原哀的手腕，声音带着不容置疑的紧迫。
“喂！工藤！怎么了？”灰原哀被他突如其来的动作吓了一跳，但看到柯南凝重的表情，心也立刻提了起来，一股寒意不受控制地从脊椎升起。是组织…！
“柯南？灰原同学？你们要去哪里？”步美、光彦和元太看着突然跑开的两人，一脸困惑地喊道。
“抱歉！有急事！你们先回家！”柯南头也不回地喊了一句，拉着灰原哀以最快的速度冲向阿笠博士家，留下三个摸不着头脑的小伙伴。