黑色巨塔崩解后的三个月，宇宙表面看似重归安宁，却在量子泡沫的深处，蛰伏着令人不安的暗流。李阳发现混沌虹晶的纯白光芒中偶尔闪过一丝幽蓝，每当他试图探查，晶体便会响起若有若无的钟摆声，仿佛某个被封印的时空牢笼正在发出细微的裂痕。而星海同盟的边境星域，陆续出现了由暗物质凝结的诡异石碑，碑面空白，却能让所有靠近的电子设备陷入永恒循环的蓝屏。
“这些石碑的量子纠缠频率与黑色巨塔核心一致。”墨渊的机械蜂群在石碑表面扫描出纳米级的刻痕，“更诡异的是，它们正在吸收周围的星光，每过一个恒星日，石碑的高度就会增长0.3毫米。”话音未落，维妮娜的战甲突然发出警报，银蓝色纹路泛起诡异的暗紫色，她指向星空：“看！石碑在连接彼此，形成了……一个巨型星图！”
星图逐渐成型，赫然是黑色巨塔的轮廓。银河系中心，无数暗物质流开始汇聚，一座半透明的虚影巨塔若隐若现，塔身缠绕着幽蓝色的能量锁链，锁链末端连接着散布在各个星系的石碑。灵能先知的精神投影再次出现，他的身体虚浮不定，灰白瞳孔中倒映着无数崩塌的文明废墟：“这是巨塔的残魂，它在利用被改写的禁忌科技……构建时空牢笼！”
星海同盟的防线在无形之中瓦解。机械族的纳米星环突然执行自毁程序，将自己拆解成能吞噬一切物质的“熵食者”；自然系的双生植物集体黑化，藤蔓化作吸食星球生命能量的巨口；灵能族的精神网络被幽蓝色迷雾笼罩，所有灵能者陷入共享的噩梦，重复着被巨塔吞噬的绝望瞬间。
“我们落入了圈套。”李阳握紧混沌虹晶，纯白光芒与幽蓝暗物质剧烈冲突，“解封禁忌科技的同时，也唤醒了巨塔的意识残片。它要将整个宇宙压缩成自己的棺椁。”银发少女的虚影在暗物质流中若隐若现，她的羽翼沾染着幽蓝污渍，手中权杖的星光正在黯淡：“黑色巨塔本是前文明用来囚禁‘时间吞噬者’的牢笼，现在，牢笼的看守者变成了新的囚徒。”
破晓舰队强行突破暗物质屏障，却发现每靠近虚影巨塔一步，时间流速就会减缓十倍。维妮娜的战甲出现裂痕，银蓝色的纳米材料开始逆向分解；墨渊的机械心脏跳动声越来越慢，机械蜂群的行动变得如同凝固的雕塑；而李阳的意识在混沌虹晶中不断循环，重复着过去战斗的片段，几乎无法分辨现实与虚幻。
“不能被时间困住！”李阳将混沌虹晶插入自己的时间感知神经，剧痛让他短暂恢复清醒，“墨渊，用机械蜂群构建时间锚点！维妮娜，释放战甲里的虚境残留能量，制造时空对冲！”三人的力量在幽蓝暗物质中碰撞，产生的时空涟漪暂时撕开了困住舰队的时间结界。
在虚影巨塔核心，李阳看到了令人震撼的景象：幽蓝色的能量锁链中央，囚禁着一个由星光与阴影组成的人形生物，它的每一次呼吸都在吞噬周围的时空。当混沌虹晶的光芒触及锁链，生物睁开了眼睛，声音如同无数个时间线的回声重叠：“你们以为改写了历史，就能逃脱命运？这座巨塔，本就是你们亲手建造的坟墓。”
随着生物的低语，星海同盟的各个文明同时收到了一段来自“未来”的影像：李阳等人变成了巨塔新的看守者，用禁忌科技奴役所有生命；维妮娜的战甲覆盖整个星系，成为吞噬文明的堡垒；墨渊的机械蜂群组成永恒运转的战争机器。“这是即将发生的未来，”生物的嘴角扬起嘲讽的弧度，“而你们，不过是时间长河里的提线木偶。”
李阳握紧混沌虹晶，纯白光芒中突然绽放出前所未有的金色纹路：“我们的确改写过历史，但这一次，我们要创造历史！”三色光芒与幽蓝能量展开最终对决，在时空的震颤中，李阳看到了银发少女隐藏的记忆——原来她就是前文明留下的“时间钥匙”，而混沌虹晶，正是解锁真正自由的关键。当光芒消散，虚影巨塔彻底崩塌，幽蓝色生物发出不甘的怒吼，化作星空中的尘埃。但在尘埃落定的瞬间，李阳注意到混沌虹晶深处，又出现了新的神秘符号，预示着更大的危机正在暗处悄然逼近……